Wanneer Sinterklaas en de Pieten in Nederland aankomen, is Regelpiet vastbesloten om te voorkomen dat het Sinterklaasfeest opnieuw wordt gesaboteerd. Daarom richt hij een geheime Pieten-Spionageschool op, waar de slimste en dapperste Pieten worden opgeleid om dreigingen vóór te zijn. Alleen Weetnietpiet wordt afgewezen, omdat ze niet goed kan rekenen, ondanks haar grote droom om spion te worden.

Ondertussen wordt Nederland opgeschrikt door een reeks mysterieuze diefstallen, waarbij telkens pepernoten worden achtergelaten. Al snel vallen de verdenkingen op de Pieten, waardoor Sinterklaas en de pieten misschien wel het land moeten verlaten. Wanneer blijkt dat bij de inbraken gadgets van de spionageschool zijn gebruikt, lijkt de dader zich zelfs binnen de groep te bevinden.

Weetnietpiet ontdekt dat de vriendelijke, maar onhandige nieuwe Sjonnie Speculaas zich verdacht gedraagt. Nadat hij haar erin luist en zij ten onrechte als schuldige wordt aangewezen, besluit ze samen met de kinderen de echte dader te ontmaskeren. Lukt het Weetniet Piet haar onschuld te bewijzen?